Sektor poduzetništva i obrta je temeljna organizacijska jedinica Ministarstva koja obavlja upravne, normativne, stručne i administrativne poslove vezane za obrt i poduzetništvo  i to:
izrada nacrta prijedloga zakonskih i drugih propisa iz djelokruga rada Sektora; prati i sagledava stanje u oblasti poduzetništva i obrta; razrađuje i predlaže mjere za njihov razvoj; predlaže poticanje mjera za ravnomjerniji  prostorni raspored malih preduzeća skladno s usvojenom politikom regionalnog razvoja; učestvuje u poslovima restrukturiranja gospodarstva  sa ostalim nadležnim tijelima; potiče organizirani nastup malih preduzeća i radnji i pruža im pomoć u poslovnim odnosima s velikim preduzećima; prati i obrađuje bitne poslovne podatke  o malim preduzećima i radnjama u Kantonu, te trendove razvoja poduzetništva u Federaciji, Bosni i Hercegovini i šire; predlaže i razrađuje programe pomoći i njihove nosioce realizacije za mala preduzeća i radnje za rješavanje ekonomskih, organizacijskih i tehnoloških problema; predlaže izvore i načine finansiranja različitih programa namijenjenih za rješavanje problema kreditiranja malih preduzeća i radnji, učestvuje u provođenju politike finansiranja razvoja poduzetništva od strane međunarodnih, finansijskih i drugih institucija; prati oblast stručnog obrazovanja poduzetnika i predlaže odgovarajuće mjere za unapređenje sistema dopunskog obrazovanja vlasnika obrta i malih preduzeća, te obavlja i druge poslove iz djelokruga skladno zakonu i drugim propisima i predlaže mjere za razvoj obrta; radi na poboljšanju međusobne saradnje obrtnika;  izrađuje poticajne mjere bržeg razvoja obrta, izrađuje izvještaje o stanju u oblasti obrta; predlaže izvore i načine finansiranja različitih programa namijenjenih za rješavanje problema kreditiranja obrtnika;  učestvuje u radu stručnih seminara i savjetovanja; daje stručna objašnjenja u vezi izvršavanja zakona i drugih propisa iz oblasti obrta; rješava žalbe u drugostepenskom postupku; te obavlja i druge poslove iz svog djelokruga u skladu sa zakonom i drugim propisima.